پیریمیدین یک ترکیب مسطح می باشد که از قاعده هوکل[۱] تبعیت می کند یعنی تعداد الکترونهای پای آن زوج می باشد و به همین جهت آروماتیک است ((Kubota et al., 2013.
هتروسیکلهای شش عضوی دارای نیتروژن در حلقه، جزء سیستمهای دارای فقر الکترونی π محسوب میشوند (Albert, 1968). وجود گروههای الکترونگاتیو یا نیتروژن اضافی این کمبود را تشدید میکند. پیریمیدین نسبت به پیریدین دارای چگالی ابر الکترونی کمتری میباشد. بنابراین جایگزینی الکترون دوستی در آن مشکل ولی جایگزینی هسته دوستی به راحتی انجام میشود.
در دسترس بودن جفت الکترون تنها در مقایسه با پیریدین کمتر است. در پیریمیدین نسبت به پیریدین، N-آلکیل دارشدن و N-اکسیدشدن مشکلتر میباشد. مقدار pKa برای پیریمیدین پروتوندار شده ۲۳/۱ برابر پیریدین پروتوندار نشده است. موقعیتهای ۲،۴ و ۶ در حلقه پیریمیدین مانند پیریدین و نیترو- و دی نیترو بنزن دچار کمبود الکترون هستند. در کربن شماره ۵ مربوط به پیریمیدین چون کمبود الکترون بیشتر میباشد بنابراین جانشینی الکترون دوستی مانند نیترو دارشدن و هالوژندار شدن در این موقعیت نسبتاً آسان است (Taylor et al., 1997).
پیریمیدینها حتی در شهاب سنگها هم یافت میشوند، اما دانشمندان هنوز هم منشاء آن را نمیدانند. پیریمیدین در معرض نور UV به اوراسیل تجزیه شیمیایی میشود (Nuevo et al., 2009). پیریمیدین دارای pKa 10/1 میباشد. همچنین دارای خصلت آمفوتری است یعنی هم به عنوان یک اسید و هم به عنوان یک باز عمل میکند (Valentin et al., 2006 )
فقر الکترونی در حلقه پیریمیدین به جهت حضور دو عنصر الکترون کشنده نیتروژن قابل مقایسه با ۳،۱-دینیترو بنزن است. این نیتروژنها سبب کاهش دانسیته الکترونی بیشتر روی C2 ، C4 و C6 میگردند در نتیجه این کربنهای پیریمیدین میتوانند تحت حمله هسته دوست قرار گیرند در حالیکه واکنشهای الکترون دوستی میتواند روی C5 یا اتمهای نیتروژن انجام گیرد. حمله الکترون دوستی روی پیریمیدین میتواند تحت شرایط معمول انجام گیرد اگر حداقل یک گروه الکتروندهنده روی حلقه پیریمیدین موجود باشد. در این حالت، هالوژن دارشدن، نیترو دارشدن، نیتروز دارشدن، جفتشدن دیآزو، سولفون دارشدن و فرمیل دار شدن و واکنشهایی از این دسته در موقعیت ۵ حلقه پیریمیدین انجامپذیر است.
از نظر میزان پایداری، پیریمیدینها در مقابل حرارت بسیار پایدارند که مربوط به ساختار آروماتیکی و ساختارهای آمید مانند آنهاست. در مورد خاصیت بازی پیریمیدین می توان گفت، پیریمیدین باز ضعیفی است که گروههای الکتروندهنده خاصیت بازی آن را افزایش میدهند.
طیفهای UV پیریمیدینها به ساختار توتومری حلقه و استخلافات روی حلقه بسیار وابسته است، پیریمیدینهای بدون استخلاف بوسیله دو پیک در ۲۴۳ و ۲۹۸ نانومتر که در سیکلوهگزان اندازهگیری شدهاند، شناخته میشوند.